证据在诉讼中处于焦点与核心地位，直接决定案件事实的面貌，而有什么样的案件事实，便有什么样的法律后果或裁判结果，重要性不言而喻。环境公益诉讼所涉证据同样如此，这就对证据的收集提出了更高的要求。
一、环境公益诉讼中原告需注意及时固定涉案证据
环境公益诉讼作为一种特殊的民事侵权诉讼，与其他侵权纠纷相比具有侵权行为持续性、渐进性、潜伏性、间接性以及证明难度大等特点。在环境公益诉讼中，原告由于信息不对称、对知识技术的掌握匮乏等原因而处于不利地位。
鉴于环境公益诉讼的上述特征，在举证责任的分配上侵权责任法以及还未生效的民法典规定环境公益诉讼实行举证责任倒置，由污染者就法律规定的不承担责任或者减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。原告则需要提供存在污染行为以及损害后果的证据，并就污染行为与损害后果之间的关联性提供初步证明材料。实践中，除去检察院提起的环境公益诉讼外，部分社会组织存在着举证能力不足的问题。此外，环境污染的隐蔽性、非及时性特点也在一定程度上加重了原告在证据收集的难度。具体而言，原告需要收集、固定的证据主要有：
1、证明原告的主体适格的证据，如原告属于社会组织，则需具备依法在设区的市级以上人民政府民政部门登记；专门从事环境保护公益活动连续五年以上且无违法记录。
2、初步证明被告的行为损害社会公共利益或者具有损害公共利益的重大风险的证据，包括证明被告的行为已经导致当地环境污染或生态指标低于正常标准的初步证明证据；对于被告排放的主要污染物名称、排放方式、排放浓度和总量、超标排放情况以及防治污染设施的建设和运行情况，可以请求被告提供相关的数据和信息等。
3、证明被告主体适格、污染行为客观存在的证据，包括污染源的环境监测报告、排污申报表、企业生产记录、环保设施运行记录、环境污染损害事故报告、环境影响报告书、环境突发事件调查报告、环境保护行政主管部门及其他环境监察机构的调查材料、环境污染事故调查处理报告、有关录像、录音、相片等。
4、 证明环境公益受到或有可能受到损害的证据，包括被损害的水体、土地 、空气及其环境的检测、检验、监测报告，声环境质量监测报告，被侵权致死的动植物的实物及其检测、检验或鉴定报告，以及相关的音像资料、照片等。不特定多数自然人的医疗诊冶报告、重金属中毒鉴定报告，以及其他因环境污染造成的人身损害鉴定报告等。
5、证明环境公益受损害程度的证据，包括证明生态环境资源损失，应急处理费用、污染修复费用、生态环境污染恢复费用等，以及主管机关出具的调查报告，检验检测报告，物价部门或市场管理机构出具的价格证明，鉴定评估机构出具的评估报告等。
6、初步证明损害行为与环境公益损害后果之间存在因果关系的证据，包括环境保护行政主管部门及其委托的环境监察机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门的调查处理报告，法定鉴定机构出具的鉴定报告，以及有关专家出具的鉴定意见、已就污染行为被判处刑事处罚的判决书或裁决书等。
二、环境公益诉讼中被告需收集无损害行为的抗辩证据
环境公益诉讼中，被告的角色不仅仅是被动的应诉，还包括主动的抗辩，即根据自身情况调查收集行为人是否存在不承担责任或者减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系的证据，包括但不限于：
1、证明行为人没有排放造成或有可能造成环境公益损害的侵权物，或行为人排放的侵权物不能到达环境损害地点的证据，包括企业生产记录、排污申报、环境监测报告、环境保护设施运行记录或者企业生产事故排放记录；
2、环境保护行政主管部门及其他环境监督管理部门的调查处理报告、法定鉴定机构出具的鉴定报告，以及有关专家出具的鉴定意见，证明环境公益损害是致害人行为以外的原因所致；
3、证明行为人排放的侵权物所致环境，符合环境质量标准或环境功能区要求；
4、证明环境损害是由于不可抗力的原因所致，并经及时采取合理措施，仍然不能避免造成环境损害的。
除上述需要收集调查的证据外，环境公益诉讼的当事人可以向证人、有关机构、部门及单位调查和收集环境侵权损害的相关证据，对于应当由其承担举证责任且为维护社会公共利益所必要的专门性问题，因客观原因不能自行收集的证据的，可以申请人民法院调查和收集证据。还可以向法院申请通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者就因果关系、生态环境修复方式、生态环境修复费用以及生态环境受到损害至恢复原状期间服务功能的损失等专门性问题提出意见等。
环境公益诉讼涉及广泛的科学技术知识，具有较强的专业性、复杂性、多样性，例如在认定环境污染事实存在与否时法庭需要专业的环境监测机构提供的监测数据予以证明；在判断侵害行为与损害结果的因果关系以及损害后果的量化方面，也有赖于专业的环境鉴定评估机构出具的评估鉴定结论，这一方面使当事人在举证方面需要投入大量的时间和精力成本，另一方面诉讼和鉴定费用的高昂意味着当事人一旦败诉则面临着巨额的诉讼成本，故对于环境公益诉讼的原、被告当事人，均需认真充足地做好准备以启动或应对诉讼，避免因“证据功课”未做好导致“全盘皆输”。
